Obecny krajobraz Suwalszczyzny jest efektem ostatniego zlodowacenia, zwanego bałtyckim fazy pomorskiej (12-10 tys. lat temu - epoka plejstocenu) oraz epoki polodowcowej (holocenu), która trwa od dziesięciu tysięcy lat - aż do dzisiaj.

Historia geologiczna tych terenów sięga okresu prekambru (570 mln - 3 mld lat). Ze skał tej epoki zbudowane jest krystaliczne podłoże - peryferyczna część wielkiej platformy wschodnioeuropejskiej. W rejonie Suwalszczyzny i Zaniemenia platforma ta jest wyniesiona i stanowi tzw. wyniesienie suwalsko-mazurskie. W skałach podłoża - norytach i anortozytach występują słynne suwalskie rudy żelaza (okolice Jeleniewa, Szurpił i Udrynia), dotychczas nie ekspoloatowane. Ponad nimi są skały osadowe - przeważnie piaskowce, iłowce, mułowce, wapienie, margle i opoki. Są to osady pochodzące od kambru do trzeciorzędu (550 mln - 60 mln). W okresie czwartorzędu, a dokładnie zimnym okresie zwanym plejstocenem lub epoką lodową nastąpiło kolejno po sobie 6 zlodowaceń (glacjałów). W okresach cieplejszych lądolody topniały i wycofywały się na północ - do Skandynawii. Na zlodowacony wcześniej teren wkraczała roślinność i rozwijały się lasy. Grubość pokrywy osadów czwartorzędowych na terenie Suwalszczyzny waha się od około 70 m do ponad 300 m (okolice Wiżajn).

Dzisiejsza rzeźba terenu Suwalszczyzny ukształtowana została poprzez ostatni skandynawski lądolód - zlodowacenie Wisły. Lądolód ten nasuwał się dwukrotnie na te ziemie - 60-65 tys. lat temu oraz 22-13 tys. lat temu. Po okresie postoju czoła lodu na linii maksymalnego zasięgu, nastąpiła jego stopniowa recesja, przerywana kolejnymi postojami. Podczas postoju czoło lądolodu wykonywało nieraz ruchy oscylacyjne - cofnięcia do tyłu i pchnięcia do przodu. Ruchy te powodowały zaburzenia wcześniej złożonych osadów. W ten sposób lądolód dokonał profilowania tego terenu. Pozostawił po sobie: jeziora, rynny lodowcowe oraz tak zwane "oczka polodowcowe" - niewielkie zagłębienia bezodpływowe, czasem wypełnione wodą. Pozostałością są także wysoczyzny lodowcowe, moreny czołowe, moreny martwego lodu, kemy, ozy i sandry. Również głazy narzutowe - przyniesione z środkowej Szwecji, Wysp Alandzkich i z dna Bałtyku - są świadkami jego ogromnej dynamiki.

WODY:
Północno-wschodnia Polska obejmuje część trzech dużych dorzeczy zlewiska Bałtyku: Wisły, Pregoły i Niemna. Największymi rzekami są: Biebrza, Czarna Hańcza, Szeszupa i Rospuda. Również ważnym elementem hydrografi regionu jest Kanał Augustowski.
Rzeki Suwalszczyzny oznaczają się specyficznym rytmem stanu wody i przepływu. Na rzekach pojeziernych maksymalny stan wody występuje w sierpniu - związane jest to z zarastaniem ich koryt roślinnością, powodującą podnoszenie się zwierciadła wody o 20-30 cm. Drugorzędny stan wysoki występuje w zimie lub na wiosnę. Najniższy stan wody występuje jesienią.

Jeziora Suwalszczyzny prezentują dużą różnorodność. Najwięcej jest rynnowych, pokazujących kierunek odpływu wód lodowcowych. Inne leżą w równoleżnikowych dolinach marginalnych. Istnieją również jeziora wytopiskowe - rozległe i płytkie o kształtach zbliżonych do owalu oraz tzw. "oczka polodowcowe" i "suchary" zanikające, torfowe jeziorka o brunatnej wodzie.
Jeziora wykazują dużą zmienność cech limnologicznych - na przykład przeźroczystość, która waha sie od 0,2 m do 10 m i zależy od typu jeziora i pory roku.
Ze względu na nasycenie zbiorników wodnych "żyznością" roślinną - trofią - można wyodrębnić cztery typy jezior:
oligotroficzne (duża czystość i przejrzystość wód, skąpa trofia), na przykład: jez. Hańcza, jez. Rospuda, jez. Garbaś, jez. Ożewo, fragmenty jez. Wigry,
eutrotoficzne (bogata trofia, małe natlenienie wody i słaba jej przezroczystość), na przykład: jez. Jemieliste, jez. Pobondzie i wiele innych,
mezotroficzne (pośrednie między oligotroficznym, a eutrotoficznym), na przykład: jez. Szelment Wielki, jez. Kamienne, jez. Boczne,
dystroficzne (małe jeziorka śródleśne, słabo natlenione, nieżyzne, o kwaśnej wodzie) - "suchary" w lasach nadwigierskich i w dolinie Wiatrołuży.

Rybacy natomiast, dzielą jeziora w zależności od rodzaju gatunków ryb w nich występujących. Rozróżniamy więc jeziora :
sielawowe - najgłębsze o małej trofii,
leszczowe - mezotroficzne, o średniej głębokości 20 m,
sandaczowe - średnioeutroficzne, o głębokości 10-15 m,
linowo-szczupakowe - eutroficzne, o średniej głębokości 6-10 m, oraz
karasiowe - płytkie, silnie eutroficzne.
Na Suwalszczyźnie występują wszystkie wyżej wymienione typy jezior.

Temperatura wody na dnie najgłębszych jezior wynosi : 4 - 6 ° C, natomiast temperatura przy powierzchni latem, waha się od 18 ° do 21° C. Zalodzenie jezior trwa średnio od początku grudnia do połowy kwietnia. Jeziora ze względu na swe usytuowanie tworzą tak zwane zespoły jezior, dla których przyjęły się nazwy m.in.: jeziora smolnickie, filipowskie, huciańskie, szurpilskie, wigierskie, pierciańskie.

Do największych jezior pod względem powierzchni należą:
Wigry - 2117 ha
Szelment Wielki - 356,1 ha
Rospuda (Filipowska) - 334 ha
Hańcza - 304,4 ha

Najgłębszymi są:
Hańcza - 108,5 m
Wigry - 73 m
Ożewo - 55,5 m
Białe (Filipowskie) - 52 m
Garbaś - 48 m

Najwyżej położone nad poziomem morza:
Pobłędzie - 253,5 m
Wersele - 252,1 m
Mauda - 246,8 m
Wiżajny - 241,9 m

W l. 1825-1839 wybudowano Kanał Augustowski, łączący Biebrzę z Niemnem. Całkowita jego długość wynosi 101 km, z czego w obecnych granicach Polski znajduje się odcinek o długości 82 km. W skład kanału wchodzi skanalizowana rzeka Netta, jeziora augustowskie i dolny odcinek Czarnej Hańczy. Na całej długości kanału istnieje 18 śluz, z czego 14 w granicach Polski. Pokonują one różnice poziomów 15 m od strony Biebrzy do najwyżej położonego punktu w okolicach jeziora Serwy, a od strony Niemna 41 m.

KLIMAT:
Suwalszczyzna odznacza się najsurowszym klimatem w kraju, z wyjątkiem gór, gdzie temperatury są uzależnione do wysokości nad poziomem morza. Średnia roczna temperatura w rejonie Olecka i Suwałk wynosi poniżej 6°C, gdy już w rejonie Warszawy 7,5° C. Powoduje to temperatura panująca zimą. Średnia miesięczna temperatura stycznia spada poniżej -4° C, a nawet do -4,5°C. Zima trwa tu 2 do 3 razy dłużej niż na zachodnich krańcach Polski. Natomiast średnie temperatury najcieplejszych miesięcy na wschodzie i zachodzie Polski są podobne i wynoszą 17-18° C. Okres zimy - tzn. średnia dobowa temperatura poniżej 0°C - trwa od 100 do 120 dni. Pokrywa śnieżna zalega średnio od 76 do 96 dni w ciągu roku. Zwykle pojawia się ona w końcu listopada i znika na przełomie marca i kwietnia.

Roczne sumy opadów wahają się od 550 do 700 mm, wykazując zależność od ukształtowania terenu i wyniesienia nad poziom morza. Największe opady regionu notowane są na Garbie Szeskim - 700 mm, mniejsze - 600 mm na znacznej części pojezierza. Przeciętna liczba dni z opadem waha się do 170 do 190 w ciągu roku. Największą liczbę dni z opadami wykazują miesiące - listopad, grudzień i styczeń - najmniejszą zaś - kwiecień i maj.

Specyfika klimatyczna północno-wschodniej Polski wyraża się w jej względnym kontynentaliźmie. Objawia się to: długą zimą, stosunkowo krótkim przedwiośniem, najkrótszym w Polsce okresem wegetacyjnym (poza górami) i najniższymi średnimi rocznymi temperaturami (tu znajduje się polski biegun zimna - Wiżajny).

ŚWIAT ROŚLIN:
Składnikami współczesnej szaty roślinnej Suwalszczyzny są biocenozy naturalne (leśne, wodne i torfowiskowe) oraz przekształcone przez człowieka (polne i łąkowo-pastwiskowe).

Flora Pojezierza Suwalskiego jest bardzo specyficzna. Znajduje się pod wpływem klimatu północnego i jej skład gatunkowy jest inny od pozostałych części Polski. Występują tu gatunki borealne i subborealne, jak świerk pospolity i rzadkie: brzoza niska i wierzba lapońska. Botanicy odnaleźli ponad 100 gat. bardzo rzadkich roślin - w tym około 40 pod ścisłą ochoną (m.in. bluszcz pospolity, widłaki, grążel żółty, rosiczki, grzybień biały, konwalia, paprotka zwyczajna).

Na Suwalszczyźnie można wyróżnić obecnie jedynie dwa duże kompleksy leśnie - Puszczę Augustowską i Puszczę Romnicką. Fragmentami dawnych puszczańskich siedlisk są obecnie lasy - szypliskie, poszeszupskie, kadaryskie, dzierwańsko-smolnickie, lasy okolic wsi Szwajcaria oraz lasy nad jeziorem Garbaś i na północ od Jeziora Rospuda. Oprócz nich Suwalszczyzna jest bogata w zagajniki, lasanki, pasy drzew liściastych - to właśnie sprawia wrażenie, iż ziemia suwalska jest lesista.

Suwalskie lasy to ekosystemy typowe dla borów nizinnych. Występują w następujących postaciach:

bór świeży - przewaga świerka, trochę sosny z domieszką brzozy brodawkowatej; podszyt z jałowca, kruszyny i dębu; runo bogate w borówkę czarną, brusznicę, malinę, konwalię oraz liczne gatunki grzybów,
bór wilgotny - przewaga sosny i brzozy z domieszką świerka - typ boru charakterystyczny dla Puszczy Romnickiej,
bór bagienny - głównie sosna i bzoza, poszycie z borówki zwyczajnej i bagiennej, brusznica,
bór mieszany - o różych odmianach siedliskowych - różnie z przewagą sosny lub świerka w zależności od miejsc występowania; w podszyciu boru mieszanego rośnie obficie leszczyna,
las świeży - zachowuje równowagę między świerkiem a sosną; w lesie wilgotnym przeważa olcha nad świerkiem,
las mieszany - występuje w odmianach siedliskowych: świeży, bagienny i wilgotny,
lasy grądowe - występują rzadko, zostały wykarczowane pod grunty orne, ponieważ miały dobrą glebę; w grądach pojawia się grab zwyczajny, dąb szypułkowy, lipa drobnolistna, klon, wiąz górski i jesion,
łęgi jesionowo-olszowe - występują w miejscach o wysokim poziomie wód gruntowych - nad rzekami Czarna Hańcza i Kamionka.

Tereny odlesione - pola orne, łaki pastwiska, nieużytki, ogrody i sady - to ważny element roślinnego pejzażu. Wyróżnia się wśród niego dwa typy zbiorowisk roślinnych - gatunków tubylczych - oraz tych, które przywędrowały wraz z człowiekiem - osadnikiem. Rośliny miejscowe porastają miedze, przydroża, łąki. Rośliny synatropijne ("osiedleńcze") to głównie gatunki uprawne, którym towarzyszą chwasty - koniczyna pagórkowata, lucerna, krwawnik, macierzanka, chabry, dziurawiec, mlecz i inne zioła.

Torf jest materiałem osadowym, zawierającym około 30 procent węgla. Ma pochodzenie roślinne. Powstaje w miejscach o dobrym nawodnieniu - w zatokach rzek, na bagnach i mokradłach, wypłyconych jeziorach - w następstwie osadzania się martwych części roślin. Odznacza się duża wilgotnością. Po wysuszeniu często stosowany jest jako opał, nawóz organiczny, paliwo przemysłowe i surowiec chemiczny. Niektóre gatunki mają nawet właściwości lecznicze - jak borowina. Na Suwalszczyźnie można wyróżnić wszystkie rodzaje torfowisk - niskie, przejściowe i wysokie.
Torfowiska niskie są ciągle w procesie tworzenia. Porastają je zbiorowiska zarośli wierzbowych z brzozą, sosną i olszą czarną oraz szuwary tworzone przez trzcinę pospolitą, tatarak i trawy turzycowe - sztywną, zaostrzoną i tunikową, a także i storczyk krwisty. Z gatunków łąkowych na wypłycone torfowiska niskie wkraczają skrzypy, jakier ostry, niezapominajka, kaczeniec oraz wiele gatunków mchów.

Torfowiska przejściowe charakteryzują się gatunkami porastającymi torfowiska niskie i wysokie. Takie torfowiska występują głównie na jeziorach dystroficznych, śródlesnych - zwanych sucharami (np. w lasach wigierskich). Główną rolę budulcową w tym ekosystemie odgrywają torfowce tworzące na wodzie kożuchy - pło, porastające z wolna turzyca bagienną, rosiczką i żurawiną. Niekiedy pło odrywa się od większej całości i dryfuje na jezioro, gdzie tworzy torfową wysepkę - np. w Zatoce Hańczańskiej Wigier (wpływ Czarnej Hańczy).
Torfowisko wysokie powstaje w procesie narastania złoża torfowego i odcięcia jego roślinności od wód gruntowych. Mogą tu wystepować jedynie rośliny o małych wymaganiach, odporne na susze i zakwaszenia. Powierzchnię takiego torfowiska zwykle porastają głównie mchy torfowców oraz rosiczka, bagno zwyczajne, żurawina błotna i inne. Torfowiska te występują rzadko. Można je zobaczyć między innymi nad Jeziorem Jaczno oraz w niecce przyjeziornej koło Czerwonego Krzyża nad Wigrami.

Biocenozy wód tworzą różnorodne zbiorniki wodne - rzeki, starorzecza, stawy, sztuczne zalewy i jeziora. Ogólnie jezioro można podzielic na kilka stref: litoralu, sublitoralu, pelagialu oraz profundalu (tak jak na rysunku).
Litoral - obszar ławicy przybrzeżnej - strefa roślinotwórcza, płytka, obejmująca dno w jeziorach żyznych do głębokości 5 m - głębokość przenikania światła. Można wyróżnić kilka rodzajów litorału, np. litolitoral - podtyp który reprezentuje Jez. Hańcza - pobrzeże z głazów i żwiru, ławica przybrzeżna krótka i piaszczysta, brak roślin wynurzonych, skąpa roślinność zanurzona, silne falowanie wody; pasmmolitoral - silne falowanie, pobrzeże piaszczyste z rozległą piaszczystą ławicą, brak roślin wynurzonych lub rzadkie czciny daleko od brzegu - typowy dla jezior mezotroficznych; fitoral - podzielony na wielkojeziorny, małojeziorny, stawowy, bagienny i zanikający; pobrzeże charakteryzuje się silnym rozwojem roślinności zanurzonej i wynurzonej.
Rośliny strefy litoralu noszą nazwę "dużych roślin" i posiadają swoje sfery siedliskowe - szuwary - rośliny błotne występujące na granicy lądu i wody, oczerety - rośliny wodne wynurzone rosnące do 2-2,5 m głębokości, roślinności o pływających liściach - ukorzenione na głębokości 2-3 m, roślinności zanurzonej kwiatowej i bezkwiatowej - ukorzenione na głębokości 3-6 m.
Strefa litoralu jest doskonałym środowiskiem dla świata zwierzęcego. Wśród "dużych roślin"- makrofitów żyją ryby, larwy, owady, skorupiaki, pająki, małże, stułbie i wiele innych gatunków.
Sublitoral - to strefa jeziora, którą cechuje brak roślin. Dno jest najczęściej pokryte zwałowiskiem muszli małży i ślimaków oraz innych szczątków organicznych.
Pelegal - to strefa otwartej owdy, która nie ma powiązania z dnem i charakteryzuje się dużą ilością małych organizmów żywych, planktonu i nektonu.
Profundal - strefa głębinowa. Woda ma tu stałą temperaturę ok. 4 °C, panuje ciemność i deficyt tlenu, żyją nieliczne drobne organizmy - plankton przydenny i niektóre gatunki ryb.

ŚWIAT ZWIERZĄT:
Historyczne spojrzenie na królestwo zwierząt pozwala stwierdzić, iż pojaćwieskie puszcze były "spiżarnią dziczyzny" dla Rzeczpospolitej Obojga Narodów, zanim oczywiście ich nie wykarczowano. Równowaga biologiczna tego regionu trwała przez blisko 2 tys. lat i została wyraźnie naruszona wraz z ekspansją gospodarczą człowieka. Wytępiono wiele gatunków zwierząt, m.in.: tura, żubra, niedźwiedzia, konika leśnego - tarpana, sobola i rosomaka. Już współcześnie wyginęła norka europejska.

Charakterystyczną cechą miejscowego świata zwierząt jest obecność gatunków północnych (borealnych) i eurosyberyjskich, które rzadko można spotkać w innych częściach Polski. Pośród osobliwości fauny północnej badacze zwracają uwagę na bezkręgowce, strunowce (ryby) - sieja, sielawa i stynka oraz ptaki północy - gągoł, perkoz rogatek, kormoran, dubelt, rybołów, łabędź krzykliwy, gęś zbożowa i myszołów włochaty. Unikatowym ssakiem jest także zając bielak.
Na Suwalszczyźnie można wyróżnić trzy typowe środowiska faunistyczne - kompleksy pól uprawnych, kompleksy leśne oraz kompleksy wód otwartych wraz z otoczeniem przybrzeżnym.

ŚRODOWISKO PÓL I ŁĄK:
Ssaki: kret, lis, zając szarak, zając bielak, łasica, mysz polna i domowa, badylarka, sarna, jeż, tchórz i gronostaj.
Ptaki: wrona, bocian biały, skowronek, myszołów, kuropatwa, makolągwa, sroka, kawka, jaskółka - brzegówka i dymówka, sowa płomykówka, przepiórka, pliszka, kraska, kos, wróbel.
Płazy i gady: ropucha szara, żaba wodna i trawna, jaszczurka zwinka, zaskroniec.

ŚRODOWISKO LEŚNE:
Ssaki: ryjówka aksamitna, nietoperz borowiec, lis, borsuk, jenot, tchórz, jeż, kuna, gronostaj, smużka, wiewiórka, jeleń, łoś, sarna, dzik, bóbr, wilk, zając bielak.
Ptaki: wrona siwa, kruk, sójka, sroka, bocian czarny, dudek, jastrząb, krogulec, myszołów, gil, jarząbek, cietrzew, puszczyk, dzięcioł czarny, słowik, zięba.
Gady i płazy: zaskroniec, padalec, żmija zygzakowata, traszka zwyczajna, ropucha szara, jaszczurka żyworódka.

ŚRODOWISKO NADWODNE I WODNE:
Ssaki: bóbr europejski, piżmak, wydra, norka amerykańska, rzęsorek rzeczek, karczownik ziemnowodny.
Ptaki: łabędź niemy, żuraw, czapla siwa, kormoran, perkoz dwuczuby i zausznik, cyraneczka, tracz, gęś gęgawa, gągoł, łyska, kurka wodna, mewa śmieszka, rybitwa zwyczajna, zimorodek, trzciniak, bąk, bączek, kaczka krzyżówka, cyranka.
Ryby: sielawa, sieja, sandacz, stynka, szczupak, karp, płoć, lin, karaś, leszcz, boleń, krąp, jaź, ukleja, wzdręga, sum, węgorz, miętus, okoń, pstrąg nizinny( w rzekach - Czarnej Hańczy, Kamionce, Wiatrołuży), troć jeziorowa (wsiedlona sztucznie).
Ślimaki i małże: błotniarka stawowa, zatoczek rogowy, szczeżuja wielka, skójka.
Skorupiaki: żyją w planktonie litoralu i pelagialu - formy drobne jak oczlik, rozwielitka, małżoraczek. Do dużych skorupiaków należą raki - szlachetny (do 20 cm), - błotny (do 15 cm) - pręgowany (do 10 cm) - najczęściej spotykany; jest odporny na zanieczyszczenia.