Wieś istnieje od 1788 roku, założona przez staroobrzędowców. Staroobrzędowcy znaleźli się na Suwalszczyźnie około 1780 r., gdzie schronili się przed okrutnymi prześladowaniami w Rosji. Ich przyczyną był sprzeciw reformie wprowadzonej przez patriarchę cerkwii rosyjskiej Nikona, w 1654 r. Reforma polegała na ujednoliceniu ksiąg świętych (pełnych do tej pory mylących glos, poprawek i dopisków). Spowodowało to rozłam (raskoł) w cerkwii rosyjskiej i prześladowania zwolenników starych ksiąg i obrządków.

   Wyznawcy starej wiary - stąd nazwa starowierzy - stworzyli dwa główne odłamy - popowców i bezpopowców. Dla bezpopowców przewodnikiem był sam Chrystus, w którego imieniu kult wiary sprawował starik zwany - nastawnikiem. Odłam ten nigdy nie wytworzył hierarchii kościelnej. Osiedleńcy Wodziłek, Gabowych Grądów oraz Boru należeli do tego właśnie odłamu.

   Wyznanie zostało oficjalnie uznane przez państwo polskie przed wojną jako Wschodni Kościół Staroobrzędowy w Polsce. Według spisu ludności z 1921 roku na Suwalszczyźnie żyło 3637 starowierców. Obecnie ich liczba nie przekracza 600-700 osób.
Oprócz wyżej wymienionych wsi, mieszkają w Suwałkach, Sejnach i Augustowie. Posiadają trzy czynne molenny - cerkwie: w Suwałkach, Gabowych Grądach oraz właśnie Wodziłkach. Oficjalna nazwa tej grupy wyznaniowej, przyjęta na ich soborze w 1993 roku, brzmi: Staroprawosławna Pomorska Cerkiew w Rzeczypospolitej Polskiej. Na jej czele stoi Rada Naczelna z siedzibą w Suwałkach.

   Molenna w Wodziłkach powstała w 1863 roku. Nie miała ona dzwonnicy, dobudowano ją w 1928 r., przez co cerkiew przybrała sylwetkę świątyni prawosławnej podobnej do tych, jakie budowano w XVII wieku na Litwie. Wyposażenie molenny jest skromne- kilkanaście ikon, starych ksiąg oraz krzyży. W 1997 roku poddano ją całkowitemu remontowi.