Z tego powodu były prowadzone wieloletnie procesy, które spowodowały odebranie części ziemi zakonowi (w pierwszej połowie XVIII w.). Pomimo tego dobra ich obejmowały 300 kilometrów kwadratowych gruntów ornych, leśnych i jezior, 56 wsi, 11 folwarków i miasto Suwałki.
W 1800 roku całe dobra Zakonu Kamedułów zostały skonfliskowane przez władze Pruskie, a zakonnicy wysiedleni do Bielan warszawskich. Wigry stały się siedzibą nowo utworzonej diecezji - do 1818 roku. Klasztorem administrowała od tej pory uboga parafia, co spowodowało jego zrujnowanie i rozbiórkę - cegłę sprzedano. Pod klasztornymi budowlami i kościołem mieściły sie ogromne piwnice, w których zakonnicy przetrzymywali wina, miody, piwa i różne inne trwałe towary. Do piwnic tych, zasypanych gruzami, nie ma obecnie dostępu - poza małymi ich fragmentami. Cóż czterechsetletnie wina - czekają na odkrycie.
Podczas Kongresówki z części dóbr klasztornych utworzono majorat rządowy, w skład którego wchodziły: folwark Huta, Piotrowa Dąbrowa, Papiernia, Jasionowo, Stary Folwark, Czerwony Forwark, Kuków, Zdrojczyszki. Majorat ten otrzymał od cara za zasługi w stłumieniu powstania styczniowego lejtant Mikołaj Ganecki.
   Kościół był dwukrotnie niszczony - w czasie walk w 1915 i w 1944 roku. Po wojnie przeprowadzono odbudowę świątyni, a w latach 1967-1974 także rekonstrukcję klasztoru, który przeznaczono na ośrodek pracy twórczej Ministerstwa kultury i Sztuki. Ze wszystkich zabudowań autentykami są tylko: budynek refektarza i jeden narożny erem.

   Widok na klasztor. Widoczne są dwie wieże kościoła. Kościół jest zbudowany z cegły, otynkowany, jednonawowy. Jego długość wynosi 56 m, szerokość 30, zaś wysokość sklepienia 17,5 m. Wewnątrz jest siedem ołtarzy, utrzymanych w stylu rokokowym (za wyjątkiem kaplicy św. Benedykta). Wszystkie mają nowe obrazy, gdyż dawne uległy zniszczeniu i rozproszeniu. Ołtarz główny, w kształcie złoconego monogramu lietry M, został odtworzony. Po jego bokach stoją figury św. Benedykta i św. Romualda.
Przed prezbiterium jest zejście do krypt, gdzie chowano zmarłych zakonników. Zachowały się nisze z ludzkimi piszczelami sprzed 200 lat. Zakonników nie chowano w trumnach lecz właśnie w niszach, układając ciała na deskach z cegłą pod głową. Gdy wszystkie nisze były zajęte - wyciągano kości i wrzucano je do wspólnej bezimiennej mogiły pod kościołem. Do niszy trafiał następny zmarły. Niestety miejsce to zostało splądrowane przez żołnierzy obu wojen, poszukujących "skarbów